朱载坖召见申时行等人，同时还有太子朱翊釴，朱载坖的想法很简单，就是令太子领衔此事，朱载坖说道：“民为邦本，本固邦宁，固民必先富民，而富民必先兴农，所以朕才在京畿兴修水利，卿等当体朕意！”

申时行、徐贞明等人赶紧领旨，朱载坖接着说道：“虽然朝廷现在对于此事已经定下了方略，但是朕想，这些士绅们必不甘心，所以朕觉得以太子总领其事，卿等襄赞，有阻挠者，置之重典，以正国法。”

朱载坖虽然已经通过各种手段摆平了勋臣、皇亲外戚和太监，但是大量的士绅们未必就可肯甘心，这点无论是朱载坖还是申时行等人都很清楚的，无论朝廷采取什么方式，总会有人反对的，朱载坖对于反抗朝廷政策的，一向就是恩威并施，对于可以拉拢的，予以施恩拉拢，而对于冥顽不灵的，朱载坖就只能予以严惩了。

这次朱载坖让太子总领其事，一来是给申时行、徐贞明等人撑腰，申时行等人本就是太子讲官，现在又有太子总领其事，那就想要对抗朝廷方略的人就得掂量一下轻重的，同时也是锻炼朱翊釴，为政不仅要有深谋远虑，更要有杀伐果断，该处理就处理，这点正是现在朱翊釴所欠缺的。

随后朱载坖下达诏书，任命徐贞明为工部右侍郎兼司农寺丞、督理北直隶屯田水利事宜，铸给关防印信，同时太子朱翊釴总理京畿水利屯田赐天子剑，北直隶地方官府通力配合，有需要的直接向朱载坖奏报即可。

朱载坖这次是完全放权给朱翊釴，让他自己决断应该怎么办。而经略朝鲜倭国兵部尚书徐渭也向朱载坖奏请，现在气候转暖，各项准备工作也已经完成了，官军已经在朝鲜囤积军粮三十五万石，可以出兵，徐渭等奏请朱载坖发兵佐渡岛。

朱载坖予以批准，遣皇次子朱翊钧、定国公徐文壁等祭告太庙，钦天监卜定吉日，正式出兵，朱载坖亲送大军出征。

钦天监择定的吉日是隆庆十二年四月初十日，朱载坖着皮弁服，在锦衣校尉、府军前卫带刀官和羽林左右卫亲军的护卫下，于宣武门命将出征。

朱载坖于当日分遣重臣，以太牢祭告天地、山川、祖宗、社稷，大军于宣武门外肃立，武英殿大学士张四维宣读诏书。

张四维开读道，奉天承运皇帝诏曰：朕受天明命，总理山河十有二年矣！幸赖祖宗遗德，臣工用命，海宇安宁，烽烟不举，四夷宾服，边鄙和乐。

然倭国世居东海，久不恭顺，兴师袭扰，非有一日也。皇考英明睿断，挫其奸谋；念太祖不征之训，体黎庶转运之苦，未加挞伐，示以仁德，欲彼天良未泯，尚存一息良善，则兵戈不用，舟楫不兴，知海澨山陬，皆我赤子，苟非元恶，普欲包荒，皇考仁德之至，古今罕有。

及至朕躬，承皇考之余威，宣谕再三，示以恩德，望其知皇考之苦心，各守疆界，庶几保全此身，何乃怙恶不悛，一至于此？我大明仁恩浩荡，恭顺者无困不援；义武奋扬，跳梁者虽强必戮。朕有施仁之心，亦有用兵之断。